自序序一序二序三序四序五凡例卷一·医学溯源养生稽古阴阳水火生克运气运气总论十二化五运歌十二支年六气歌流年起六气歌客气交日歌逐年主气歌逐年客气歌脏腑（附：腔子、脂膜）脏象应天地脏腑贵贱脏腑命名释义脏腑相
风劳臌膈四大证治
简介自序凡例卷首卷一卷二卷三卷四卷五卷六卷七卷八卷九卷十卷十一卷十二卷十三卷十四卷十五卷十六
序卷上一、道生二、阴阳六十四卦、方圆二图三、色诊四、脉诊五、藏象卷下一、经络二、治则三、病能
自序凡例（六则）卷一 中风门中风（类中导入）卷二 诸伤门伤寒暑（参绪论暑证）湿（湿热）燥火伤饮食劳倦虚损（传尸）卷三 寒热门发热热潮热恶寒（背恶寒）振寒战栗寒热疟厥卷三 诸气门上气郁痞满腹满水
序一、内科感冒风温春温暑温湿温伏暑秋燥冬温咳嗽喘证哮证痰证血证惊悸怔忡不寐遗精癫狂痫证中风眩晕厥证脱证痹证痿证脚气胃脘痛胁痛腹痛腹胀噎气呃逆呕吐霍乱泄泻痢疾便秘脱肛疟疾黄疸积聚水肿淋证疝气诸虚中毒发杂
卷上论疮肿诊候入式法论荣卫色脉参应之法论持手诀消息法论三部所主脏腑病证论脉证名状二十六种所主病证论三部脉所主证候论三部脉所主杂病法诀论诊候肺疽肺痿法论将护忌慎法论疮疽肿虚实法辨疮肿浅深法辨脓法辨疮疽疖
序卷之一温邪门暑邪门伏暑门疟疾门痢疾门黄胆门卷之二中风门肝风痰火门虚劳门吐血门臌胀水肿门卷之三积聚门（附虫积）脘腹痛门噎膈反胃门三消门痰饮门痰喘门卷之四咳嗽门疝气门遗精淋浊门痉厥门杂病门妇人门产后门幼
序自叙卷一朝廷对于医者之医方卷二世界对于医者之医方卷三医者自医之医方
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一